Dans le cadre du déconfinement, la France a lancé le 11 mai 2020 une grande campagne de projection pour Covid-19, en utilisant la technique RT-PCR pour réaliser ces tests virologiques. Il permet d’identifier le virus par sa carte d’identité génétique : l’ARN. Mais quelle est cette technique ? Déchiffrement.
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RT-PCR : une formidable technique d’identification
Historiquement, la première technique a été mise au point pour identifier un agent biologique PCR, réaction en chaîne de la polymérase (ou réaction en chaîne de la polymérase). En utilisant l’ADN de l’agent biologique, cette technique de biologie moléculaire permet de reproduire en grand nombre, avec un facteur de multiplication de l’ordre de 1 milliard, une séquence d’ADN connue à partir d’une très petite quantité d’échantillon de l’agent biologique recherché.
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Mais le SRAS COV-2, le virus responsable de la maladie de Covid-19, appartient à la famille des ribovirus. Il ne contient pas d’ADN, mais contient de l’ARN*. La technique PCR ne permet donc pas l’accès direct à sa carte d’identité génétique de l’ARN. Une première étape est nécessaire : commencer à transformer l’ARN SARS-COV-2 en ADN correspondant.
Cette étape supplémentaire utilise une variante de la technique PCR : RT-PCR, Réaction en chaîne de la polymérase par transcriptase inverse (ou réaction en chaîne de la polymérase après transcription inverse). Cette transcription inverse est en fait le mécanisme par lequel l’ARN est converti pour la première fois en l’ADN correspondant. Cette transformation est réalisée par une enzyme, la transcriptase inverse qui rétrotranscrit ( RT-PCR ) l’ARN et synthétise l’ADN correspondant. Le reste du processus d’essai consiste à multiplier le fragment d’ADN synthétisé afin d’obtenir un grand nombre de copies identiques de ce fragment afin de l’enlever en quantité suffisante pour formellement identifier. Cette multiplication est possible grâce à une autre enzyme, de la famille des polymérases. Cette étape correspond à la réaction en chaîne de la polymérase (RT- PCR ) Ce processus est terminé, il est maintenant possible de détecter la présence du virus et de mesurer la charge virale d’un échantillon contenant une très petite quantité de virus, plusieurs millièmes de milliards de grammes est Assez.
RT-PCR contre SARS-COV-2
Les tests virologiques (RT-PCR), largement réalisés en France depuis le 11 mai, sont effectués sur la base d’échantillons nasopharyngés chez des personnes soupçonnées d’être infectées. Dans ces échantillons effectués dans des conditions optimales, le SARS-COV-2 est présent en très petites quantités. Trop faible pour être détecté par des techniques d’analyses classiques. La technologie RT-PCR est donc particulièrement adaptée.
Une fois qu’une personne est infectée, le virus se multiplie dans son corps. Ainsi, au fil du temps, la quantité de virus ou de charge virale augmente et, par conséquent, la quantité d’ARN viral présente chez le patient. Un test effectué trop tôt après l’infection peut donc être négatif parce que la quantité d’ARN viral est trop faible pour être détectée. De même, si l’échantillonnage nasopharyngé est mal effectué, la quantité de virus recueillie peut à nouveau être trop faible pour être détectée. Il est donc important de procéder à ces tests dans les conditions fixées par les lignes directrices des autorités sanitaires.
Une fois l’échantillonnage effectué, la première étape de l’essai consiste à extraire l’ARN inclus dans l’échantillon. Cet ARN sera ensuite converti en ADN correspondant. Ensuite, cet ADN sera dupliqué jusqu’à ce qu’il obtienne un suffisant pour le détecter et l’identifier en toute sécurité. Si aucun ADN n’est détecté à la fin du processus d’essai (environ 3h), le test négatif, et le patient est déclaré non infecté. D’autre part, si le test est positif, le patient est infecté. Ensuite, il entre dans le processus de surveillance des patients avec Covid-19.
* À quelques exceptions près, l’ARN (acide ribonucléique) est une molécule d’ADN (acide désoxyribonucléique). La structure est chimiquement moins stable, la durée de vie est plus courte. L’ADN n’existe que dans le noyau de la cellule, tandis que l’ARN peut provenir du noyau.
Merci à Dr. Cynthia MARIE-CLAIE, UMR-S 1144 Inserm-Université de Paris pour son illumination.
